
代谢组是指生物体内源性代谢物质的动态整体。而传统的代谢概念既包括来自生物合成,也包括360百科生物分解,因此天表理论上代谢物应包括核酸、蛋白质、脂武弱通具关类生物大分子以及放员高教仍逐争其他小分子代谢物质。但为了有别于基因组、转录组和蛋白质组,代谢组之前只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质,现在以上几种物质均有囊括。
- 中文名称 代谢组
- 外文名称 Metabolome
- 类别 动态整体
- 含义 代谢物质
基本介绍
针对于代谢物组学技术,2010年之前主要瓶颈在于可以鉴定的代谢物种类较少,通常在100种以内,所以就丧失了组学的价值。随着技术的渐活改停职认律来视行发展,现在的代谢庆括神迫结才朝音念西刘组学实测可以达到300种代谢物以上,近期的研究一直呈上升趋势。
代谢组学检测的技术路线通常是首先使用液相色谱(气相色谱)在一定压力下,代谢物由于分子量和电荷不同,从而在塔板柱中流动的速度不同,从而将不同分子量的代谢物分离开,而后串联质谱仪,根据分子的荷质来自比不同从而在质谱仪中的飞行偏转角度不同,导致落点不同,根据不同的落点信息,与数据库进360百科行比对,从而确定代谢物的种类。故而在代谢组学里面,数据库是否完备就成为鉴定代谢物种类的关键。通常做法是使用标准代谢物进行液质联用,记录其信息形成数据库。然后待测样本在供占酒款进行液质联用的时候就会形成属于自己特有的峰形,与数据库比对后香吧就可以确定其种类示静但作及相对含量。
分类
大致路诗开编皮绿八走线如图1:
检测代谢木微意绿阻称显或段扬你物的中类从大类主要分为:Amino aci四d(Glycine, 快调友serine and threonine metabolism;Alanine and aspartate metabolism;Glutamate metabolism;H应诉哪端煤弱些istidine 最过针千企神绝占药metabolism;Lysine metabolism;Phenylalanine & tyrosine metabolism;T错散创规础只美ryptophan metabolism;Valine, leucine and isoleucine metabolism;Cysteine, methionine, SAM, taurine metabolism;Urea cy信了带容怎时持略掉随率cle; arginine-, proline-, metabolism等),Peptide(D概ipeptide;衣叶解与gamma-gluta齐英仍松衡夫低台六附myl等),Carbohydrate(Fructose, mannose, galactose, starch, and sucro可鲜眼件振来修底酒多所se metabolism;Glycolysis, gluconeogenesis, pyruvate metabolism;Nucleotide sugars, pentose metabolism等),Energy(Krebs cycl须同掉皮清亲愿执聚由律e;Oxidative phosphorylation等),Lipid(Essential fatty acid;Medium chain fatty acid;Long chain fatty acid;Carnitine metabolism;Bile acid metabolism;Glycerolipid metabolism;Lysolipid;Monoacylglycerol;Sphingolipid;Sterol/Steroid等),Nucleotide(Purine metabolism, (hypo)xanthine/inosine containing;Pyrimidine metabolism, thymine containing; Valine, leucine and isoleucine metabolism等),Cofactors and vitamins(Ascorbate and aldarate metabolism;Hemoglobin and porphyrin metabolism;Pantothenate and CoA metabolism;Tocopherol metabolism等),Xenobiotics(Benzoate metabolism;Chemical;Drug)等,代谢物实测合计300种以上,广泛应用于医学、农业、制药、食品等行业中。
代谢组学的数据分析思路大致套路:1.描述检测代谢物种类;2.PCA主成分分析确定代谢物在相同分组中的稳定性(即组内重复性和组间差异性);3.筛选差异代谢物;4.差异代谢物所分布的信号转导通路(PATHWAY);5.差异代谢物随时间或大于阶段的变化规律分析;6.分子标志物筛选。当然,根据不同实验目的,还有特殊的分析模式。
近期随着基因组学,转录组学的发展,联合代谢物进行分析已经成为流行的趋势,不仅从现象中检测出差异的代谢物,更从基因层面解释了代谢物变化的原因,反之基因层面变化,导致的代谢物变化等。
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